申请人或其代理人通过马德里联盟某缔约方的商标主管机关向世界知识产权组织的国际局申请办理一份国际注册申请，使用一种语言(英语或法语)，可在一份申请书上指定一个或多个缔约方的领土延伸保护， 并可有条件地指定一个或多个类别上的商品或服务，向一个机构(国际局)缴纳以瑞士法郎计算的统一规费，或根据马德里议定书针对个别缔约方再缴纳单独规费， 从而在提出申请阶段避免了若采用逐一国家申请方式向每一个指定保护的国家所应支付的较高额的官费和当地代理机构的律师费。

大多数情况下申请人在领土延伸的国家更早获得商标权的保护

申请人从向某缔约方的商标主管机关提交商标国际注册申请之日起，如果手续齐备并按规定缴纳费用，一般三、四个月即可取得国际注册的注册证。根据马德里协定和马德里议定书的规定，该商标申请自国际局登记此项国际注册之日起十二个月(协定)或十八个月(议定书)内，申请人指定保护的缔约方的商标主管机关有权驳回这一领土延伸申请, 若期限内无驳回,该商标在指定保护的缔约方自动得到保护。而对很多缔约方, 若通过逐一申请途径, 从申请到获准注册的时间超过以上期限。

还大大简化了对商标的后期管理，使变更、续展等事项可以统一进行。